Usando o xdg-mime:

Instale o pacote xdg-utils:

sudo pacman -S xdg-utils

Ache o tipo do arquivo:

xdg-mime query filetype /path/pagina.html

Veja qual aplicativo está associado:

xdg-mime query default text/html

Liste os aplicativos instalados:

ls /usr/share/applications/

Configure o aplicativo padrão:

xdg-mime default chromium.desktop text/html

Para o MATE:

gsettings set org.mate.applications-browser exec chromium

No modo gráfico:

mate-default-applications-properties

BÔNUS váriaveis globais

/etc/profile ou /etc/bash.bashrc ou ~/.bashrc

BROWSER="chromium"
export BROWSER

/etc/fish/config.fish ou /etc/fish/conf.d/variables.fish (ou qualquer outro nome terminado em .fish) ou ~/.config/fish/config.fish

set -x -g BROWSER chromium

EDIT

gvfs-mime --set x-scheme-handler/magnet deluge.desktop

Fontes: Arch Linux Wiki
Arch Linux Forums
Arch Linux MATE Wiki
Arch Linux BBS
Ask Ubuntu

Boa sorte!